宝島での激戦を終え、無事に科学王国へと帰還した千空たち。
手に入れた石化装置で、コールドスリープしていた司を復活させることに成功。
司は科学王国の仲間となった！
そして、人類石化の黒幕・ホワイマンの本拠地が
“月”であることを突き止めた千空たちは、月を目指す！
このストーンワールドで、
ゼロから宇宙船を作るビッグプロジェクトへと乗り出した。

早速、世界中から宇宙船の素材を集める為、
ペルセウス号で大海原へと飛び出した千空たち。
復活液の原料となる大量のコーンを求め、最初の目的地・アメリカ大陸を目指す。
勇気、結束、科学力、全てが試される大航海の先に、
千空たちを揺るがす脅威が待ち構えていた――!!

遂に、千空たちの冒険は世界、
そして宇宙へ向けて動き出す！
人類の未来を救う為、千空は仲間と共に
全力で科学の道を切り拓いていく!!